Proteindomene, proteinsegment som utgjør en strukturell enhet, dvs. hvor foldingen i hovedsak bestemmes av aminosyrerekkefølgen i segmentet og i liten grad av andre deler av proteinet. Samme type doméne kan inngå som byggestein i funksjonelt helt ulike proteiner og kalles da proteinmodul. Mange proteiner er mosaikker av ulike moduler, og man regner med at disse har utviklet seg i evolusjonen ved omstokking av DNA-segmenter kalt eksoner.