Anaerob infeksjon, infeksjon med bakterier som kan formere seg uten tilgang på oksygen. Slike bakterier utgjør mesteparten av tarmens normalflora. Anaerobe infeksjoner forekommer derfor ofte etter tarmoperasjoner. Gassgangren, som forårsakes av Clostridium perfringens, er eksempel på en alvorlig anaerob infeksjon.