Hypoventilasjon er for liten ventilasjon til å opprettholde normal konsentrasjon av oksygen og karbondioksid i organismen. Hypoventilasjon kan sees ved blant annet nevromuskulære sykdommer som affiserer pustemuskulaturen, for eksempel poliomyelitt, og kan da behandles med assistert ventilasjon. Hypoventilasjon ka også oppstå ved forgiftninger med stoffer som påvirker respirasjonssenteret i hjernen, for eksempel morfin.