SNP

SNP (forkortelse for single nucleotide polymorphism og uttalt snip) er når forskjellen mellom et strekk av DNA hos to ubeslektede individer kun består i at én nukleotid, altså en bokstav i den genetiske koden, er byttet ut med en annen nukleotid.

SNP er den enkleste polymorfismen.

I gjennomsnitt vil to ubeslektede individers arvestoff være 99,9 prosent identisk. Forskjellene består ofte i at en enkelt byggestein (et nukleotid) er byttet ut med en annen, mens nukleotidene på hver side av denne ikke varierer mellom individene. Slike SNP-er kan være ubetydelige, men dersom de befinner seg i kodende områder av et gen, kan de få konsekvenser.

Hovedsakelig skiller man mellom to typer SNP-er:

• En synonym SNP vil ikke påvirke uttrykket av noe gen. En slik SNP kan finnes både i ikke-kodende DNA, og i kodende omåder. Synonyme SNPer i gener vil gi samme utfall, ettersom det kan finnes flere kodon som koder for samme aminosyre i proteinsyntesen.
• En ikkesynonym SNP vil føre til at kodonet angir en annen aminosyre, og endrer dermed aminosyre-rekkefølgen til et protein.

Ikkesynonyme SNP-er deles igjen inn i to typer:

• Ved en missense SNP vil basen som endres føre til at kodonet det inngår i, vil kode for en annen aminosyre.
• En nonsense SNP vil føre til at basene koder for et stopp-kodon. Dette vil terminere proteinsyntesen og proteinet vil bli ufullstendig eller ikke fungerende.

Det er kartlagt et stort antall SNP-er i menneskets arvestoff. Disse kan analyseres hos enkeltpasienter til svært lav kostnad. SNP-er er derfor på vei til å overta for andre genetiske markører i medisinsk genetisk diagnostikk og forskning.

Ikke-synonyme SNP-er kan føre til sykdom ved å endre den genetiske koden tilknyttet enkelte proteiner, som for eksempel kan føre til cystisk fibrose.

Andre SNP-er som ikke medfører endringer i proteiner, kan brukes som markører for sykdommer dersom de er plassert svært nær et sykdomsgen (genetisk kobling). Nærheten vil gjøre at de svært ofte nedarves sammen med sykdomsgenet som er av interesse.

I populasjonsgenetikk benyttes ofte SNP-er som markører for å undersøke forskjellen mellom populasjoner, eller for å undersøke evolusjonære prosesser i og mellom populasjoner.

• polymorfisme
• proteinsyntese
• mutasjon