Spredterepeterte sekvenser er sekvenser som ikke er plassert etter hverandre i genomet, men heller spredt rundt omkring. Disse kalles også forflyttbare (transposable) elementer og vi skiller hovedsaklig mellom to typer: DNA-transposoner og retrotransposoner.
DNA-transposoner flytter seg rundt i genomet ved hjelp av en «klipp-og-lim»-mekanisme. Denne prosessen er katalysert av enzymet transposase.
Retrotransposoner benytter en «kopier-og-lim»-mekanisme, hvor det først lages en RNA-kopi. Denne RNA-kopien vil deretter omdannes til DNA av enzymet revers transkriptase før den settes inn i genomet.
Retrotransposoner deles inn i to forskjellige typer:
- Med lange terminale repeterte sekvenser (LTR)
LTR er for eksempel såkalte endogene retrovirus. Disse utgjør omtrent 8 prosent av det menneskelige genomet. Endogene retrovirus er retrovirus som for det meste holder seg inne i cellekjernen og ikke lenger har en infiserende funksjon.
- Med ikke lange terminale repeterte sekvenser (ikke-LTR)
Ikke-LTR er for eksempel SINE (korte spredte repeterte nukleære sekvenser) som typisk er rundt 50–500 basepar. Et eksempel er Alu-elementet som er rundt 300 basepar og finnes hos primater. Omtrent 10 prosent av det menneskelige genomet er slike Alu-elementer.
Et annet eksempel på ikke-LTR er LINE (lange spredte repeterte nukleære elementer) som kan være opptil 7000 basepar. Omtrent 21 prosent av det menneskelige genomet består av sike repeterte sekvenser.
Kommentarer
Kommentaren din publiseres her. Fagansvarlig eller redaktør svarer når de kan.
Du må være logget inn for å kommentere.