Trypanosoma, protozoer som beveger seg med flageller; fordi de delvis har tilholdssted i blod, hører de til gruppen hemoflagellater. Tre trypanosomaarter har medisinsk betydning: Trypanosoma brucei gambiense, Trypanosoma brucei rhodesiense og Trypanosoma cruzi. De to førstnevnte gir sykdommen afrikansk sovesyke (også kalt afrikansk trypanosomiasis), mens T. cruzi er årsaken til Chagas sykdom (også kalt sør-amer. trypanosomiasis). T. brucei gambiense og T. brucei rhodesiense ser helt like ut, og begge overføres via bitt av tsetsefluer. I risikoområder regner man med at 1 av 600 tsetsefluer er infisert med en av parasittene. T. brucei rhodesiense kan ha en lang rekke ville dyr og husdyr som reservoar, men oftest skjer overføringen fra ulike antilopearter. Når det gjelder T. brucei gambiense, er betydningen av dyrereservoar usikker, og i de fleste tilfeller skjer overføringen med tsetsefluer fra menneske til menneske. En spesiell egenskap ved trypanosomene som forårsaker sovesyke, er at de har en uttalt evne til stadig å forandre sine overflateantigener, hvilket gjør det vanskelig for pasienten å mobilisere et effektivt immunforsvar. T. cruzi overføres via teger; parasitten finnes i tegenes avføring, og overføres til mennesket ved at man klør seg på bittstedet og derved gnir den infiserte insektavføringen ned i såret. Overføring ved transfusjon av blod fra infiserte individer forekommer også, og likeledes intrauterin overføring.