gentest

Ein gentest er ei målretta undersøking for å påvise éin eller fleire kjende variantar i DNA-sekvensen i eit gen. Slike variantar kan anten vere nøytrale, sjukdomsframkallande eller gi risiko for sjukdom. Slik risiko kan varianten gi åleine eller i kombinasjon med andre genvariantar og miljøfaktorar.

Gentestar blir vanlegvis brukte i helsevesenet for å føreseie risiko for ein kjend sjukdom eller for å kartleggje behandlingsalternativ ved hjelp av testing for kjende genvariantar. Sidan 2000-talet har det vakse fram ein privat marknad som tilbyr ulike gentestar.

Gentestar i helsevesenet

Talet på moglege sjukdomsgivande forandringar i eit gen er nær sagt uendeleg, som talet på moglege trykkfeil i ei bok. Ved arvelege sjukdommar er det vanleg at kvar familie har sin eigen «private», kanskje unike, sjukdomsgivande variant, som det trengst omfattande utgreiing for å identifisere. Hos den første i familien som blir greidd ut for sannsynleg genetisk sjukdom, blir det ofte utført maskinell gjennomlesing (DNA-sekvensering) av DNA-sekvensen til fleire tusen gen, eller av heile genomet. Så ser ein nærare på gen som passar med symptoma til vedkommande. Ved sekvensering finn ein alltid mange ufarlege normalvariantar, og nokre som har usikker betydning for sjukdom. Variantane er gjenstand for grundig vurdering (kalla tolking) i laboratoriet.

Når den sjukdomsgivande varianten i familien er identifisert, kan slektningar få tilbod om gentest som er ein målretta ja/nei-test for denne varianten. Det kan vere vanskeleg å finne genvarianten som gir sjukdom hos eit individ. Men når genvarianten først er funnen, er det ganske enkelt å leite etter denne genvarianten hos nære slektningar.

Gentestar blir òg brukte i genetisk fosterdiagnostikk for å sjå bort frå ein variant som tidlegare har gitt alvorleg sjukdom, til dømes alvorleg nevrologisk sjukdom hos eit tidlegare barn av same foreldre. Kreftceller kan nokre gonger testast for kjende variantar for å optimalisere kreftbehandlinga. Dette blir mellom anna brukt i behandling av brystkreft (sjå persontilpassa medisin).

Sikkerheit

Ein gentest kan med høg grad av sikkerheit påvise eller sjå bort frå den eller dei variantane det blir testa for, føresett at ikkje prøva er bytt om ved eit mistak. Kor sikkert det er at ein vil utvikle tilstanden ein testar seg for, derimot, varierer frå sjukdom til sjukdom. Dette blir kalla penetranse. Testen seier ikkje noko om andre variantar i det same genet eller i andre gen. Samspelet mellom ulike gen og genvariantar er i stor grad uutforska.

Lovregulering

Gentesting i helsevesenet er regulert i bioteknologilova. Lova skil mellom diagnostiske og prediktive undersøkingar, der føremålet med undersøkinga avgjer om ho kan klassifiserast som diagnostisk eller prediktiv. Med diagnostisk siktar ein til utgreiing av ein person med sjukdomsteikn for å finne årsaka til sjukdommen, og med prediktiv meiner ein undersøking for å føreseie framtidig sjukdom hos ein person som ikkje har teikn på sjukdommen.

Lova skil ikkje mellom enkle gentestar og omfattande genetiske undersøkingar. Det er føremålet med undersøkinga som har mest å seie. Personar som blir gentesta prediktivt for medisinske føremål, har i Noreg krav på tilpassa genetisk rettleiing. Prediktiv genetisk testing av barn under 16 år er berre tillate dersom dette vil utløyse tiltak som kan førebyggje eller redusere helseskade hos barnet.

Gentesting utanfor helsevesenet

Sidan 2000-talet har mange kommersielle aktørar kome med tilbod om ulike gentestar. Mange av desse omfattar testing for mange genetiske normalvariantar (single nucleotide polymorphisms, SNP-ar) som i seg sjølve ikkje gir sjukdom, men som er i nærleiken av sekvensvariantar som truleg aukar risikoen for multifaktorielle sjukdommar, som til dømes folkesjukdommane diabetes, blodpropp eller andre hjarte- og karsjukdommar. Sjølv om testen for kvar enkelt variant er sikker, gir slike testar vanlegvis svært usikre resultat når det gjeld å anslå sjukdomsrisiko, og verdien av dei er difor diskutabel. Familiehistoria til pasienten kan gjerne gi meir informasjon enn gentesten.

Det finst òg gentestar som blir påstått å kunne seie noko om normale eigenskapar, slik som musikalitet eller idrettstalent. Nytta av slike testar er truleg svært låg, då årsaker til slike eigenskapar er svært samansette og i høg grad ukjende.

Samansetninga av SNP-ar er godt eigna til å fastslå om to personar er i slekt, og kan difor brukast til å identifisere biologiske slektningar og til ei viss grad etnisk bakgrunn. Det kan òg brukast til identifisering, til dømes i politiarbeid.

Metodar for gentesting

DNA-et som blir undersøkt i ein gentest, kan i prinsippet kome frå nesten kva celle som helst i kroppen. Det vanlegaste er å hente DNA-et frå kvite blodceller i ei blodprøve eller frå celler i slimhinna i munnen, då desse cellene er lett tilgjengelege.

DNA-sekvensering

I dag har det blitt vanleg med hybridisering og maskinell avlesing av DNA-sekvensen i alle gena til personen (eksomsekvensering eller heilgenomsekvensering), før ein ser etter om varianten eller variantane det skal testast for, er til stades. Resten av sekvensen vil ikkje bli undersøkt og tolka, men blir ofte lagra digitalt i laboratoriet. Heilgenomsekvensering og lagring av sekvensen kan gi fleire utilsikta funn enn eldre metodar gir, og lagring og moglegheiter for deling av den genetiske informasjonen er gjenstand for debatt.

Eldre metodar for gentesting

Før 2000-talet blei gentestar gjerne utførte med restriksjonsanalyse, Southern blot eller Dot blot. Ved restriksjonsanalyse måtte metoden tilpassast kvar enkelt variant ein ønskte å teste for. Den førstnemnde analysen baserer seg på at ein finn eit naturleg førekomande enzym (restriksjonsenzym) som kan kutte DNA-sekvensen der varianten er, og at sekvensar med éin variant blir kutta på ein annan måte enn sekvensar med ein annan variant. Dei to sistnemnde analysane krev relativt mykje DNA, og blir utførte med radioaktive reagensar. Det var ønskjeleg å erstatte dei med analysar som medfører mindre helserisiko for dei som arbeider i laboratoriet.

SNP-analyse kan òg nyttast til gentesting, og er basert på kunstig framstilte oligonukleotid (korte, enkelttråda DNA-bitar) som passar til DNA rett ved sida av den enkeltbasen ein skal undersøkje. Genetisk koplingsanalyse og markøranalyse byggjer på liknande prinsipp, der ein kan teste kva for ein av foreldra eller besteforeldra som er opphav til ein gitt gensekvens hos pasienten.

Før genomsekvensering blei innført, var det vanleg å undersøkje berre genet eller den delen av genet som inneheldt den aktuelle sekvensvarianten med metoden Sanger-sekvensering. Ei viktig årsak til at både Sanger-sekvensering og dei andre, tidlegare analysemetodane har blitt erstatta med genomsekvensering, er at den sistnemnde metoden har blitt svært effektiv og mykje billigare å utføre enn før.

Les meir i Store norske leksikon

Kommentarer

Kommentaren din publiseres her. Fagansvarlig eller redaktør svarer når de kan.

Du må være logget inn for å kommentere.

Fagansvarlig for Medisinsk genetikk

Benedicte Paus

Professor II, Universitetet i Oslo