gentest

Ein gentest kan med høg grad av sikkerheit påvise eller sjå bort frå den eller dei variantane det blir testa for, føresett at ikkje prøva er bytt om ved eit mistak. Kor sikkert det er at ein vil utvikle tilstanden ein testar seg for, derimot, varierer frå sjukdom til sjukdom. Dette blir kalla penetranse. Testen seier ikkje noko om andre variantar i det same genet eller i andre gen. Samspelet mellom ulike gen og genvariantar er i stor grad uutforska.

Gentesting i helsevesenet er regulert i bioteknologilova. Lova skil mellom diagnostiske og prediktive undersøkingar, der føremålet med undersøkinga avgjer om ho kan klassifiserast som diagnostisk eller prediktiv. Med diagnostisk siktar ein til utgreiing av ein person med sjukdomsteikn for å finne årsaka til sjukdommen, og med prediktiv meiner ein undersøking for å føreseie framtidig sjukdom hos ein person som ikkje har teikn på sjukdommen.

Lova skil ikkje mellom enkle gentestar og omfattande genetiske undersøkingar. Det er føremålet med undersøkinga som har mest å seie. Personar som blir gentesta prediktivt for medisinske føremål, har i Noreg krav på tilpassa genetisk rettleiing. Prediktiv genetisk testing av barn under 16 år er berre tillate dersom dette vil utløyse tiltak som kan førebyggje eller redusere helseskade hos barnet.

I dag har det blitt vanleg med hybridisering og maskinell avlesing av DNA-sekvensen i alle gena til personen (eksomsekvensering eller heilgenomsekvensering), før ein ser etter om varianten eller variantane det skal testast for, er til stades. Resten av sekvensen vil ikkje bli undersøkt og tolka, men blir ofte lagra digitalt i laboratoriet. Heilgenomsekvensering og lagring av sekvensen kan gi fleire utilsikta funn enn eldre metodar gir, og lagring og moglegheiter for deling av den genetiske informasjonen er gjenstand for debatt.

Før 2000-talet blei gentestar gjerne utførte med restriksjonsanalyse, Southern blot eller Dot blot. Ved restriksjonsanalyse måtte metoden tilpassast kvar enkelt variant ein ønskte å teste for. Den førstnemnde analysen baserer seg på at ein finn eit naturleg førekomande enzym (restriksjonsenzym) som kan kutte DNA-sekvensen der varianten er, og at sekvensar med éin variant blir kutta på ein annan måte enn sekvensar med ein annan variant. Dei to sistnemnde analysane krev relativt mykje DNA, og blir utførte med radioaktive reagensar. Det var ønskjeleg å erstatte dei med analysar som medfører mindre helserisiko for dei som arbeider i laboratoriet.

SNP-analyse kan òg nyttast til gentesting, og er basert på kunstig framstilte oligonukleotid (korte, enkelttråda DNA-bitar) som passar til DNA rett ved sida av den enkeltbasen ein skal undersøkje. Genetisk koplingsanalyse og markøranalyse byggjer på liknande prinsipp, der ein kan teste kva for ein av foreldra eller besteforeldra som er opphav til ein gitt gensekvens hos pasienten.

Før genomsekvensering blei innført, var det vanleg å undersøkje berre genet eller den delen av genet som inneheldt den aktuelle sekvensvarianten med metoden Sanger-sekvensering. Ei viktig årsak til at både Sanger-sekvensering og dei andre, tidlegare analysemetodane har blitt erstatta med genomsekvensering, er at den sistnemnde metoden har blitt svært effektiv og mykje billigare å utføre enn før.